Peter Nagel ist vertreten in folgenden Sammlungen:

Ludwig Forum für Internationale Kunst, Aachen
Nordjyllands kunstmuseum, Aalborg DK
Aarhus Kunstmuseum, Aarhus (DK)
George Economou Collection, Athen (GR)
Kunstmuseum Basel
Sammlung des Deutschen Bundesrats, Berlin
Museum Bochum
Sammlung der Bundesrepublik Deutschland
Kunstsammlungen der Veste Coburg
Sammlung der Stadt Darmstadt
Stiftung Museum Kunst Palast, Düsseldorf
König-Brauerei, Duisburg
Museumsberg Flensburg
Sammlung Villa Romana, Florenz
Hamburger Kunsthalle, Hamburg
Kulturbehörde Hamburg
Sprengel Museum, Hannover
Städtische Galerie im Max-Palais, Karlsruhe
Bürgergalerie, Kiel
Kulturstiftung des Landes Schleswig-Holstein
Kunsthalle zu Kiel
Kunstsammlung der Landeshauptstadt Kiel
Musee Cantonal des Beaux-Arts, Lausanne
Museum der bildenden Künste Leipzig
Bayerische Staatsgemäldesammlungen, München
Westfälisches Landesmuseum, Münster
Kunstsammlung Neubrandenburg
National gallery of modern art, New Delhi
Städtische Sammlung, Neumünster
Clemens-Sels-Museum, Neuss
Städtische Galerie, Nordhorn
Städtische Galerie Schloß Oberhausen
Kunsthalle Recklinghausen
Sammlung Villa Massimo, Rom
Galleria nazionale d’arte moderna, Rom
Saarland Museum, Saarbrücken
Schleswig-Holsteinisches Landesmuseum
Schloß Gottorf, Schleswig
Städtische Sammlung, Schleswig
Sammlung Sparkassenstiftung Schleswig-Holstein
Staatsgalerie Stuttgart
Städtische Galerie im Park, Viersen
Städtische Galerie Wolfsburg
Museum Narodowe, Wroclam
Museum der Künste, Leipzig
Museum der 1000 Orte (Kunst am Bau im Auftrag der BRD)